Nostrum presenta GeoDirDock (GDD), un nuevo modelo de difusión para acoplamiento dirigido
La compañía también ha anunciado que su lanzamiento se producirá próximamente.
Nos complace presentar GeoDirDock (GDD), nuestro nuevo modelo de difusión para acoplamiento dirigido.
Los modelos de difusión a menudo pasan por alto que el sitio de acoplamiento en una proteína suele estar predeterminado, junto con las interacciones moleculares específicas en ese sitio. GDD aprovecha esta información, empleando un proceso de difusión dirigida que guía el acoplamiento al lugar deseado a través de caminos geodésicos en espacios implícitos.
Nuestro enfoque no solo supera otros modelos de difusión rígida como DiffDock en los puntos de referencia estándar de PDBBind, sino que también genera poses moleculares más precisas. Estas poses muestran menos enfrentamientos y mantienen una mejor proximidad a las cadenas laterales y las redes troncales, lo que mejora la plausibilidad y eficacia de las predicciones de acoplamiento.
Vea en los ejemplos a continuación cómo GDD (verde) es capaz de encontrar el bolsillo "correcto" para unirse (ligando de cristal en rojo) mientras DiffDock (gris) explora una cavidad que no está sujeta a la detección. Además, para moléculas grandes, el previo impuesto es capaz de arreglar la mayoría de los ángulos de torsión y configura GDD para lograr la postura correcta. ¡Un desafío para los métodos de acoplamiento tradicionales!
Estén atentos al próximo lanzamiento de GDD, que pronto estará disponible para todos los usuarios.
Este trabajo ha sido aceptado en el Taller de Perspectivas Generativas y Experimentales para el Diseño Biomolecular en ICLR.
Aquí, el documento.